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运动皮质的损伤可能会导致偏瘫，失去身体对侧的自主运动。偏瘫通常是由中部脑大动脉大出血造成的（个体会觉得头疼，后失去意识，醒来后发现某侧躯体无法运动）。偏瘫患者不再有基于内部目标和期望而产生运动的灵活性（即不能自主运动），且肌肉被动地伸长使其比一般人有更强的反射反应，表现在运动中自是扭曲，即便是可以走路也与常人的姿势相距甚远。目前干预偏瘫的技术还有待开发，一种可能是，对于损伤的皮质进行重复的TMS（经颅磁刺激）可能激发其可塑性。
此外，许多皮质损伤还可能导致不能归结于偏瘫、肌肉运动问题等的协调功能缺陷，被称为失用症。失用症的诊断主要是用排除法：如果病人有协调功能的问题，但是没有肌肉控制的缺陷即为失用症。失用症患者在模仿动作时显现出很大的缺陷。而后，神经学家区分了两种失用症：意向运动性失用症和观念性失用症。意向运动性失用症，病人对预期动作有简单的理解，但是不能够执行动作，即模仿运动失败，此类病患的脑区损伤在运动前区。观念性失用症患者更严重，不知道动作的目的（即无法理解预期动作），损伤的脑区为左侧顶叶（被认为是存储动作表征的区域）。